Der Anfang der Geschichte von Jirkov liegt etwas im Dunkeln und wird in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts vermutet. Die Aussage, Jirkov wurde von König Přemysl Otakar II. im Interesse der Erschließung der Wälder im Grenzgebiet 1269 gegründet, hat sich nicht als wahr bestätigt. Um 1300 stand hier ein gotisches Kirchlein, denn Jirkov entstand als eine Siedlung an der tschechisch-sächsischen Grenze. Die Chroniken beschreiben diese Ortschaft einmal als Borek, und erst seit den Jahren 1321 und 1337 als Jurek. Die ersten schriftlichen Eintragungen von der Ortschaft Jirkov existieren erst seit 1352.
Anfang des 15. Jahrhunderts wurde eine Burg erbaut, die in den Jahren 1421, 1432 und 1433 von Hussiten erobert und niedergebrannt worden ist. In der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts wurde die Burg umgebaut, rot angestrichen und bekam den neuen Namen - Červený hrádek / Rothenhaus.
Die Burg besaß im Laufe der Zeit mehrere Herrschaften. Binnen weiterer Jahrzehnte wurde Jirkov von der Herrschaft von Červený Hrádek / Rothenhaus ziemlich unabhängig und erhielt verschiedene Rechte. Von großer Bedeutung war die Bestätigung der Stadtrechte durch König Ladislav Pohrobek (Ladislaus Postumus) vom 25. Februar 1455.
Die Stadtrechte bestätigten später noch die Herrscher Vladislav II. (1507), Ferdinand I. (1528), Maximilian (1570) und Kaiser Rudolf II., der die Siegel-und Wappenbenutzung der Stadt bestätigte. Seit 1480 hatte die Stadt ihre eigene Bierbrauerei (Görkauer Bürgerbräu). Der Erzählung nach war das Bier von Jirkov dem Kaiser Rudolf II. sein Beliebtestes.
Im 16. Jahrhundert wurde Jirkov, dank der adeligen Herrschaften, zu einer Stadt mit wirtschaftlichem Aufschwung, z.B. durch Christoph von Carlowitz. In der Stadt gab es 6 Zünfte. Es wurde Alaun gefördert und seit 1597 hatte die Stadt eine Wasserleitung. Schon ab 1544 gab es in Jirkov einen Schützenverein, der über 300 Jahre aktiv war. In den Jahren 1555-1595 wurde unter der Stadt ein System mit unterirdischen Gängen angelegt. Die Gänge dienten als Brauereikeller und sind zur Zeit noch erhalten.
Nach der Schlacht am Weißen Berg (Bílá Hora) 1620 verlor die Stadt fast sämtliche Rechte und wurde von den Heeren des Dreißigjährigen Krieges geplündert. Eine Reihe von Besitzern wurde enteignet; lutherische Geistliche wurden wieder durch katholische Priester ersetzt. In der Stadt gab es überwiegend Handwerker aus deutschen Ländern. Beruhigung in die Stadt brachten erst die 60er Jahre im 17. Jahrhundert. Das durch den Krieg zerstörte Schloss Červený hrádek / Rothenhaus wurde zu einem einstöckigen Barockschloss mit einer Kapelle umgebaut.
Die Herrschaft des Heinrich Franz von Rottenhan (Jindřich František von Rottenhan) und Georg Buquoy (Jiří Buquoy) bedeutete für die Stadt wesentlichen wirtschaftlichen Aufstieg. Es entstanden Manufakturen und Fabriken von deutschen Industriellen, es verbreitete sich das Bauwesen. Weltberühmt wurde die Baumschule in Blatná / Platten, welche die erste dieser Einrichtungen in ganz Österreich war. Die in der Baumschule gezüchtete neue Fichtenart ist heute in den ausgedehnten Wäldern in Kanada zu finden. Im Jahre 1854 erhielt die Stadt ihr Postamt, 1869 eine Sparkasse, am Ende des 19. Jahrhunderts die Kanalisation und eine neue Wasserleitung. Im Jahre 1911 wurde Jirkov ans Elektronetz angeschlossen. Seit dem 19. Jahrhundert waren in der Stadt die Familien der sächsischen Industriellen Kühne und Tetzner tätig (Textilindustrie). Die Bedeutung der Stadt wurde durch die Strassenverbindungen mit weiteren Städten erhöht.
Im Jahre 1872 wurde Jirkov an das Eisenbahnnetz angeschlossen und die Produkte der Fabriken (Textilien, Papier, Bier) konnten schneller in die nähere und weitere Umgebung transportiert werden. In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurden die ersten Sportvereine, Heimatvereine u.a. gegründet. Im Jahre 1874 kam der Feuerwehrverein hinzu. Der Aufschwung der Stadt wurde leider durch den Ersten Weltkrieg unterbrochen, besonders die Wirtschaft von Jirkov war davon betroffen.
In den zwanziger Jahren des 20. Jahrhunderts wurde Jirkov für kurze Zeit zur Kreisvertretung. Die Wirtschaft der Stadt hatte sich in wenigen Jahren wieder erholt. Es gab 4 Textilfabriken, 3 Schulen und 35 Gastwirtschaften. In den 20er und 30er Jahren hatte in Jirkov der berühmte Zirkus Kludský sein Winterquartier.
Der Zweite Weltkrieg verlief in Jirkov relativ ruhig. Die Bombenangriffe der Alliierten auf Chomutov und auf die nahen Chemiebetriebe ließen Jirkov unberührt. Die Stadt wurde durch die Rote Armee am 8.Mai 1945 befreit.
Die folgenden 19 Monate in der Geschichte von Jirkov verliefen sehr dramatisch. Den Beweis dafür geben uns die Zeugnisse der damaligen Görkauer Einwohner.
Der Lauf der Geschichte wurde durch die Folgen des Zweiten Weltkrieges dramatisch verändert. Die Vertreibung der deutschen Bevölkerung bedeutete das Ende einer langen Etappe in der Geschichte unserer Stadt Jirkov. Der zweite Teil der Geschichte der Stadt stellt einen Neubeginn dar. Es entstanden neue Verhältnisse, Beziehungen und Traditionen. Die Struktur der Bevölkerung wurde in ein paar Jahren radikal geändert. Im Laufe weiterer Jahrzehnte wurde Jirkov wellenweise neu besiedelt. Im Jahre 1947 wurde sofort mit dem Aufbau der neuen Siedlungen begonnen. Aus dem Binnenland sind die ersten 3 500 Menschen gekommen, aus Böhmen, Mähren und aus anderen Landesteilen. Eine zweite Welle von Zuzügen gab es in den 50er und 60er Jahren. Nach Jirkov kamen Bewohner der untergegangenen Ortschaft Ervěnice und aus den umliegenden Dörfern, die der Kohleförderung weichen mussten. Weitere Bewohner sind noch im Laufe der 80er und 90er Jahre hinzu gekommen.
Bereits Ende der 60er Jahre bekamen die Bewohner der Stadt die Folgen der Industrialisierung zu spüren. In den folgenden 25 Jahren wurden die Schadstoffwerte in der Atmosphäre mehrmals überschritten. Die Wälder im Erzgebirge wurden dadurch größtenteils vernichtet. Jirkov war im Hinblick auf die Transportbelastung - nach Prag und Ostrava - die dritte der meist betroffenen Städte in der Republik. Die Änderung der gesellschaftlichen Verhältnisse nach dem November 1989 bedeutete auch für die Umwelt. eine positive Entwicklung. In Jirkov schlossen mehrere Betriebe. Die nahe liegenden Kraftwerke reduzierten ihren Schwefeldioxidausstoß. Seit Ende der 80er Jahre führt um Jirkov eine neue Umgehungsstraße; beide Städte - Chomutov und Jirkov - verbindet ein Trolleybusnetz (Oberleitungsbus).
Das noch vor wenigen Jahren von industriellen Abfällen belastete Ballungsgebiet befindet sich zur Zeit im Einklang mit den Umweltschutzvorschriften der tschechischen Regierung. Jirkov ist dank der verwirklichten Pläne der Stadtführung wieder ein begehrtes Ziel von Besuchern und Touristen. Wesentliche Schritte wurden auch im Sinne der Zusammenarbeit mit ausländischen Partnern von der Stadtführung Jirkov Ende der 90er Jahre erfolgreich unternommen. Mit der Stadt Brand-Erbisdorf in Sachsen wurde im Mai 2002 eine Partnerschaft in den Bereichen – Kultur, Sport, und zu Erfahrungen in der Kommunalpolitik begonnen. Die Stadt hat auch enge Beziehungen zu ehemaligen Bewohnern von Jirkov, besonders zum „Görkauer Freundeskreis“ in Deutschland.